A.C.Camargo
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CIPE » Infraestrutura e equipamentos

O CIPE tem uma infraestrutura completa para processamento de DNA e RNA, sequenciamento e análise. Atualmente, a facility de sequenciamento de nova geração conta com cinco plataformas de alto desempenho: um Ion PGM Torrent, dois IonProton, um NextSeq 500 e um sistema 454 GS Junior. As etapas de PCR, construção de bibliotecas para plataformas de sequenciamento e a fragmentação genômica são realizadas com acessórios disponíveis, incluindo três dispositivos OneTouch 2, dois dispositivos OneTouchEnrichment, Covaris e dispositivo S2 HydroShear.

CIPE

Recursos dedicados a computação e um data center com 18 servidores, 132 núcleos, 248 GB de RAM e 20 TB de armazenamento estão localizados na Instituição para apoiar atividades científicas de pesquisa e gerenciamento. A administração do servidor é realizada por uma equipe especializada e supervisionada pelo Laboratório de Informática Médica. O escritório de Gerenciamento de Projetos oferece suporte administrativo e técnico para projetos de pesquisa. Um conjunto de ferramentas especializadas de informática desenvolvidas internamente permite o gerenciamento de projetos, acesso a registros médicos anônimos e solicitações de amostra. Entre eles estão o Biobanco, que permite a administração de todos os tecidos de tumor e biópsia e seus respectivos dados clínicos; H2TC, um sistema integrado de registros médicos com foco em pesquisa; Recruit, que facilita a identificação dos pacientes por critérios clínicos; XUSD, que permite a construção e compartilhamento de dados de pesquisa; e acProjects, para a gestão de projetos científicos que garante o acesso aos pacientes anonimizados apenas por participantes aprovados pelo Comitê de Ética.

 

Banco de tumores e de macromoléculas

O biobanco do A.C.CamargoCancer Center foi criado em 1997 e, em conjunto com o banco de macromoléculas, criado em 2004, armazena amostras de tecido e centraliza a purificação de macromoléculas de todas as amostras humanas coletadas com o consentimento informado dos pacientes. Esta instalação é localizada no campus principal do A.C.Camargo e está equipada com uma estação de trabalho QIAsymphony SP para a purificação automatizada de DNA, RNA e proteínas, bem como congeladores de criopreservação. Quando uma amostra de tecido é solicitada a partir do biobanco, o RNA e DNA são extraídos seguindo protocolos padrão, e uma alíquota da macromolécula de interesse é fornecida ao pesquisador. As restantes partes da macromolécula são armazenadas de acordo com os padrões técnicos para biobancos de tumores, recomendados pela Agência Internacional de Pesquisas sobre o Câncer (IARC), da Organização Mundial da Saúde. A decisão de centralizar a extração e distribuição de macromoléculas baseou-se na necessidade de implementar controles de qualidade para processamento das amostras de ácidos nucleicos.

Atualmente, um total de 63.104 amostras foram coletadas. Destas, 42.933 são tecidos (tumor e normal) e 20.171 são amostras de sangue total. No final de 2015, foram armazenadas 33.117 amostras de tecido (tumor, tecidos adjacentes normais e metástases). De 2010 a 2015, foram realizados 145 projetos com amostras do biobanco. O banco de macromoléculas processou aproximadamente 18.000 extrações de RNA e DNA e armazenou 13.000 amostras (Fig. 2).


Banco de amostras

Integrado ao CIPE, o Grupo de Patologia Molecular e Investigativa emprega técnicas diagnósticas de ponta e dedica-se à compreensão dos comportamentos preditivos e prognósticos de diferentes tipos de câncer. Sua infraestrutura inclui instalações para imuno-histoquímica, PCR, microarrays (cDNA e TissueMicroarrays, TMA), pirosequenciamento, sequenciamento de DNA, hibridização in situcromogênica e fluorescente, microdissecção a laser e estudos de rearranjo de genes, entre outras técnicas moleculares.