As pesquisas desenvolvidas no laboratório de Genômica e Biologia Molecular são dedicadas a identificar os processos moleculares que ocorrem nas células e que levam ao surgimento e progressão do tumor. Para isso, são utilizadas e desenvolvidas ferramentas para análise em grande escala do genoma e transcriptoma humano, entre tumores e seus correspondentes normais (e/ou tumores de diferentes níveis de agressividade).
Esse tipo de análise pode levar à identificação de diferenças moleculares, que são caracterizadas e utilizadas para compreender a biologia dos tumores e identificar potenciais biomarcadores para aprimorar o manejo clínico dos pacientes. Entre as abordagens utilizadas estão o sequenciamento de próxima geração para análise transcricional e do exoma humano; cDNA microarray e PCR quantitativo, para avaliação transcricional; pirosequenciamento e sequenciamento capilar para avaliação de metilação de promotor e detecção de mutação; e estudos funcionais de genes detectados pelas abordagens em grande escala.
O grupo dedica-se a estudar câncer de mama, de próstata e tumor de Wilms (um tumor pediátrico no rim), em perguntas voltadas para identificação de alterações moleculares precoces que desencadeiem o processo tumoral e sua progressão. Além disso, desenvolve projetos relacionados a câncer hereditário, com objetivo de caracterizar genes já conhecidos e associados ao aumento de risco de desenvolvimento de câncer e também na identificação de novos genes.
Linhas de Pesquisa
- Tumor de Wilms: Genes de vias de sinalização envolvidos na recapitulação da nefrogênese pelo tumor de Wilms: Aspectos funcionais e implicações na formação do tumor. Busca de marcadores moleculares associados com recidiva tumoral;
- Câncer de Mama: Busca de marcadores moleculares preditores de progressão do carcinoma ductal in situ; Busca de marcadores moleculares de prognóstico em carcinoma ductal de mama; Identificação de variantes de splicing com potencial de marcador molecular em câncer de mama;
- Análise de mutação gênica: Rastreamento em genes associados com predisposição ao câncer hereditário incluindo mama, síndrome de Lynch e melanoma familial; Desenvolvimento de metodologias para automação dos métodos de detecção de mutação gênica para aplicação na rotina clínica; Desenvolvimento e aplicação de metodologias disponíveis para identificação de novas mutações somáticas e germinativas com utilização de sequenciadores de terceira geração.
Coordenador:
Dirce Maria Carraro, PhD
Equipe:
Alex Fiorini de Carvalho, PhD - Pesquisador Científico.
Bianca Garcia Lisboa - Analista de Pesquisa
Elisa Napolitano e Ferreira, PhD - Pesquisador Científico Jr.
Gustavo Molina - Analista de Pesquisa
Solange Coelho - Assistente Administrativo Jr.
O Grupo de Citogenética e Genética Molecular - NeoGene, Grupo Multidisciplinar de Estudo de Neoplasias Humanas - foi criado com o objetivo de desenvolver a pesquisa básica e aplicada em genética de tumores por meio da geração de dados de regiões/genes específicos envolvidos no desencadeamento ou progressão do câncer.
As pesquisas realizadas pela equipe visam à compreensão do processo de transformação celular e a identificação de assinaturas moleculares que potencialmente possam ser utilizadas como parâmetros auxiliares no diagnóstico e/ou prognóstico para pacientes com câncer.
O foco do laboratório é a oncologia molecular, que emprega dados de citogenética clássica e molecular como ponto de partida para o delineamento das regiões cromossômicas envolvidas no desenvolvimento e progressão dos tumores. O detalhamento destas regiões é feito por meio de ensaios baseados na tecnologia de microarrays (CGH-array e cDNA microarray) aliado ao uso de ensaios de expressão gênica e protéica.
As principais técnicas utilizadas pela equipe incluem análises de biologia molecular (RT-PCR em tempo real, sequenciamento e análises em larga escala, como c-DNA microarray e CGH-array) e de citogenética molecular (CGH-cromossômico, FISH e CISH) e clássica.
Todo este aparato tecnológico e conhecimento técnico são utilizados, principalmente, para a realização de pesquisas em tumores benignos (leiomiomas uterinos e fibroadenomas) e em carcinomas (cabeça e pescoço, próstata, mama, pênis e sarcomas), além de promover estudos de doenças ginecológicas proliferativas, como a endometriose.
Entre os inúmeros resultados produzidos pelo grupo, um estudo recente sobre a investigação do receptor do fator de crescimento transformante beta tipo I e II (TGFs) em câncer de mama revelou que a análise da proteína TGFBII deveria ser incluída na prática clínica como biomarcador prognóstico em pacientes HER-2 negativos (Paiva CE, Annals of Oncology, 2009). Outro trabalho com amostras de câncer de mama mostrou que a análise de CISH (hibridação in situ cromogênica) pode substituir a técnica de FISH (hibridação in situ fluorescente) para a caracterização do padrão de amplificação do gene HER-2, de fundamental importância para o delineamento de estratégias terapêuticas nestes pacientes (Rosa FE, BMC Cancer, 2009).
Linhas de Pesquisa
- Marcadores prognósticos e diagnósticos em carcinomas de glândulas salivares
- Busca de genes candidatos a predisposição familial em cânceres de cabeça e pescoço
- Alterações no número de cópias genômicas em carcinomas de células escamosas de laringe e em seu fronte de invasão.
- Marcadores putativos em câncer de mama obtidos pela análise de expressão gênica em larga
- Alterações no número de cópias de DNA em leiomiomas uterinos
- Neoplasias e epigenomas: caracterização de alterações epigenéticas em cânceres humanos
- Assinatura Genética em Adenocarcinomas de Próstata e suas metástases
- Desenvolvimento de sistema de integração de dados na área de bioinformática
- Expressão gênica e estudo funcional em endometriose
- Caracterização molecular de carcinomas de pênis
- Investigação das alterações no número de cópias de DNA em agregações familiares de pacientes com câncer colorretal e na Síndrome de Lynch
- Avaliação de alterações genômicas em amostras de pacientes com câncer de orofaringe resistentes aos protocolos terapêuticos padrões
Coordenador:
Silvia Regina Rogatto, PhD
Equipe:
Anderson Dias Souza - Auxiliar de Laboratório
Graziela Spilborghs - Analista de Pesquisa
Rogério Nazário - Auxiliar Administrativo
O Grupo de Patologia Investigativa utiliza modernas técnicas diagnósticas que oferecem aos pesquisadores relevantes informações em relação ao perfil molecular do tumor. Estes recursos são utilizados para o desenvolvimento de pesquisas que podem mudar o diagnóstico e o esquema terapêutico do câncer.
As linhas de pesquisa do grupo, sob coordenação do pesquisador e patologista Fernando Augusto Soares, se caracterizam pela busca do melhor entendimento da etiopatogênese, do comportamento biológico e de fatores preditivos (predizer resposta) e prognósticos de diversos tipos de câncer. Genéricamente, é identificada como Patologia Tumoral.
As pesquisas desenvolvidas no laboratório utilizam recursos de Imunoistoquímica, PCR, Microarray (cDNA e TMA), técnicas de pirossequenciamento, sequenciamento de DNA, Hibridação in situ Cromogênica e Fluorescente (CISH e FISH), além de procedimentos sofisticados como Microdissecção à Laser, estudo de Rearranjo Gênico, entre outras técnicas moleculares.
Utilizado amplamente, o TMA (Arranjo Tecidual em Matriz) - do inglês Tissue MicroArray - é uma ferramenta de alta produtividade que permite estudar centenas de amostras de tecidos de diversos pacientes simultaneamente, em um único bloco de parafina. O laboratório dispõe de arrays de tecidos normais e neoplásicos de mama, tireóide, estômago, ovário, colo uterino, sarcomas, melanomas, linfomas, entre outros.
Linhas de Pesquisa
- Linfomas, carcinomas penianos e estudo do mecanismo de metástases;
- Sarcomas;
- Linfomas e oncogênese viral;
- Neoplasias do trato gastrintestinal, óssea e do sistema nervoso central;
- Pesquisas morfológicas e moleculares das neoplasias;
- Neoplasias da mama e em citopatologia.
Coordenador:
Prof. Fernando Augusto Soares, PhD
Equipe:
Antônio Hugo J. Fróes Marques Campos; MD, PhD
Carlos Ferreira Nascimento, Analista de Pesquisa Sr.
Clóvis Antônio Lopes Pinto; MD, PhD
Cynthia Ap. Bueno de Toledo Osório; MD, MSc
Isabela Werneck da Cunha; MD, PhD
José Vassallo; MD, PhD
Maria Dirlei Begnami; MD, PhD
Rafael Malagoli; PhD
Rodrigo Crespo, Técnico de Anatomia Patológica Jr.
Severino da Silva Ferreira, Técnico de Anatomia Patológica Jr.
Victor Piana de Andrade; MD, PhD
O Grupo de Genômica Médica e Bioinformática (LGMB) atua no desenvolvimento de pesquisa genômica, sendo responsável pela geração e análise de bioinformática de dados em larga escala para o estudo de doenças humanas, como o câncer. O grupo realiza estudos do micro-ambiente tumoral, de perfis de expressão de microRNAs e mRNAs em tumores humanos, de análise funcional de microRNAs e, ainda, de metagenômica na investigação do papel da microflora tecidual e como esta é influenciada por agentes carcinogênicos.
Com projetos em estreita colaboração com outros grupos de pesquisas nacionais e internacionais, a expertise do grupo é fundamentada, principalmente, na descoberta de genes humanos e na descrição do perfil de expressão gênica global dos tumores mais prevalentes no Brasil.
Linhas de Pesquisa
- Metagenômica da cavidade oral: avaliar como o uso de tabaco e álcool influencia o ecossistema bacteriano em pacientes com e sem tumores na cavidade oral. Serão empregadas tecnologias de sequenciamento em ultra larga escala, para avaliar o papel destas drogas no conjunto de bactérias da cavidade oral, permitindo detectar a eventual presença de bactérias marcadoras do desenvolvimento de um processo maligno.
- MicroRNAs como marcadores de agressividade em câncer de mama: projeto colaborativo que vai avaliar, por meio de sequenciamento em ultra larga escala, o papel de miRNAs em tumores metastáticos e não metastáticos de mama. Os marcadores identificados serão avaliados em ensaios funcionais.
Coordenador:
Emmanuel Dias-Neto, PhD
Equipe:
Diana Noronha Nunes, PhD - Pesquisadora
Renato Puga - Programador de Computador Pleno
Leandro Lima - Analista de Pesquisa Pleno
Solange Coelho - Assistente Administrativo Jr.
O Grupo de Oncogenética Molecular desenvolve projetos de avaliação e acompanhamento clínico para o rastreamento das Síndromes de Predisposição Hereditária ao Câncer; em especial as síndromes de Li-Fraumeni e do Xeroderma Pigmentoso.
O Hospital A.C.Camargo é um dos centros de referência mundial em síndrome de Li-Fraumeni e atua no rastreamento e acompanhamento de pacientes com diagnóstico clínico e molecular da doença por meio de parcerias e colaborações com renomadas instituições nacionais e internacionais.
O grupo desenvolve, ainda, pesquisas de investigação genômica do câncer hereditário e estratégias de acompanhamento e diagnóstico precoce da doença, com foco assistencial. Além disso, lidera projetos que envolvem aspectos psicológicos, educacionais, de custo efetividade e de pesquisa qualitativa (avaliação de sobrecarga e de percepção de risco) no aconselhamento genético em Oncogenética.
Linhas de Pesquisa
- Investigação clínica e genômica do câncer hereditário, com foco na Síndrome de Li-Fraumeni (LFS) e sua variante Li-Fraumeni like (LFL), por meio da análise de mutações germinativas e/ou diagnóstico pré-sintomático no gene TP53, em pacientes com suspeita da síndrome de Li-Fraumeni;
- Investigação clínica e genômica de genodermatoses, com foco na Síndrome do Xeroderma Pigmentoso, com análise de mutações germinativas e/ou diagnóstico pré-sintomático dos genes XPA e XPC, em pacientes com suspeita da síndrome do Xeroderma Pigmentoso.
Coordenador:
Dra. Maria Isabel Achatz, M.D., PhD
Equipe:
Amanda Nóbrega - Enfermeira Jr.
Andréia Veloso - Assistente de Pesquisa Jr.
Karina Miranda Santiago - Assistente de Pesquisa